Lapor media antarabangsa, kenderaan rasmi Yoon meninggalkan kediaman berbukit yang telah menjadi tempat perlindungannya selama beberapa minggu.
Kediaman itu dilindungi dengan kawat berduri dan kawalan ketat oleh pasukan keselamatan peribadi.
Yoon kemudian tiba di pejabat agensi anti-rasuah yang mengetuai siasatan tersebut.
Dalam satu kenyataan, Yoon menyatakan bahawa dia menyerahkan diri untuk disoal siasat bagi mengelakkan sebarang keganasan, setelah lebih 3,000 anggota polis mengepung kediamannya sejak awal pagi Rabu untuk menahannya.
"Apabila saya melihat mereka memecah masuk kawasan dengan kawalan keselamatan menggunakan peralatan pemadam api hari ini, saya memutuskan untuk memberi kerjasama kepada siasatan CIO.
"Meskipun ia adalah siasatan yang tidak sah, keputusan dibuat demi mengelakkan pertumpahan darah yang tidak diingini," kata Yoon.
Peguam Yoon mendakwa bahawa usaha untuk menahan beliau adalah tidak sah dan bertujuan untuk memalukannya secara terbuka.
Waran tangkap dikeluarkan terhadap Yoon adalah yang pertama dalam sejarah melibatkan presiden Korea Selatan yang masih berkuasa.
Ketika penyiar berita tempatan melaporkan kemungkinan Yoon akan ditahan dalam masa terdekat, beberapa pergelutan kecil berlaku antara penyokong Yoon dan pihak polis berhampiran kediaman beliau.
Mereka turut dilihat menangis ketika insiden.
Pelaksanaan undang-undang tentera oleh Yoon mengejutkan rakyat Korea Selatan dan mencetuskan pergolakan politik yang belum pernah terjadi dalam salah satu demokrasi paling dinamik di Asia.
Ahli-ahli parlimen telah mengundi untuk memecat Yoon dan melucutkan jawatannya pada 14 Disember.
Sementara itu, Mahkamah Perlembagaan sedang mempertimbangkan sama ada untuk mengesahkan pemecatan tersebut dan menyingkirkan beliau dari jawatan presiden secara kekal.