Bekas Menteri di Jabatan Perdana Menteri (Hal Ehwal Sabah Dan Sarawak) itu tewas kepada calon Parti Kesejahteraan Demokratik Masyarakat (KDM), Datuk Wetrom Bahanda, dengan majoriti 8,174 undi.
Wetrom memperolehi sebanyak 24,318 undi untuk mengalahkan Ongkili, yang dianggap 'gergasi', namun hanya mampu meraih 16,144 undi dalam saingan enam penjuru semalam.
Kota Marudu merupakan kerusi tradisi Parti Bersatu Sabah (PBS) yang disandang Ongkili sejak 1995.
Wedrom yang juga Ahli Dewan Undangan Negeri (ADUN) Bandau sebelum ini meletakkan jawatan sebagai Pembantu Menteri Kepada Ketua Menteri dan menyertai KDM.
Sementara itu, empat calon lain di kerusi berkenaan hilang wang deposit iaitu Sharizal Denci dari Parti Ikatan Demokratik Malaysia (MUDA), Datuk Jilid Kuminding daripada Parti Warisan Sabah (Warisan), Mohd Azmie Zulkiflee daripada Pejuang Tanah Air (Pejuang) dan calon Bebas Norman Tulang.
Ongkili pada PRU14 berjaya mengekalkan kerusi Kota Marudu atas tiket Barisan Nasional (BN) selepas memperolehi 13,033 undi menewaskan pesaing terdekat Datuk Maijol Mahap daripada Parti Harapan Rakyat Sabah (PHRS) yang memperolehi 11,259 undi.