Sebelum ini, akhbar Sun melaporkan rumah itu telah ditawarkan oleh raja kepada abangnya, Putera Andrew.
Keputusan Charles dibuat susulan pendedahan buruk pasangan itu mengenai bapa Harry, abangnya Putera William dan kerabat diraja lain dalam memoir dokumentari Netflix dan beberapa siri wawancara TV.
Jurucakap pasangan itu mengesahkan bahawa Duke dan Duchess of Sussex telah diminta untuk mengosongkan kediaman mereka di Frogmore Cottage.
Putera Andrew, adik lelaki raja, terpaksa berhenti daripada peranan diraja kerana hubungannya dengan pesalah seks Amerika Syarikat, Jeffrey Epstein yang disabitkan kesalahan.
Akhbar itu melaporkan bahawa Andrew mahu tinggal di rumahnya sekarang yang berdekatan daripada berpindah ke Frogmore Cottage.
Istana Buckingham berkata, pihaknya tidak akan mengulas mengenai laporan itu malah sumber diraja menyatakan sebarang perbincangan sedemikian akan menjadi urusan keluarga peribadi.
Harry dan Meghan berpindah ke Frogmore Cottage di dalam kawasan estet Windsor Castle di sebelah barat London selepas perkahwinan mereka pada 2018.
Selepas berundur daripada tugas diraja mereka pada 2020, mereka berpindah ke California untuk menempa kehidupan dan kerjaya baharu, tetapi Frogmore Cottage kekal sebagai pangkalan British mereka.
Mereka juga bersetuju untuk membayar balik 2.4 juta pound wang pembayar cukai yang dibelanjakan untuk mengubah suai rumah.
Harry dan Meghan jarang pulang ke Britain sejak mereka berlepas ke Amerika Syarikat tetapi telah menggunakan Frogmore pada beberapa kesempatan mereka kembali, seperti untuk perayaan Jubli Platinum mendiang Ratu Elizabeth tahun lalu.
Hubungan antara pasangan itu dan ahli keluarga yang lain menjadi lebih renggang sejak itu, berikutan kritikan pedas terhadap kerabat diraja dan pembantu mereka dalam bukunya 'Spare'.
Perselisihan pendapat telah menimbulkan keraguan besar sama ada Harry akan menghadiri pertabalan bapanya pada bulan Mei.
