Menurut jurucakap polis, lelaki berkenaan ditahan pada jam 1.30 petang waktu tempatan.
Bangunan tersebut serta First Avenue dan jalan-jalan di sekitar ibu pejabat PBB itu ditutup dengan helikopter dilihat terbang mengelilingi bangunan yang terletak di tengah bandar Manhattan itu.
BACA: Polis kepung ibu pejabat PBB diceroboh lelaki bersenjata
Lelaki berkulit putih berusia dalam lingkungan 60-an itu dilaporkan berlegar di perkarangan bangunan tersebut dan tidak cuba untuk melintasi garisan keselamatan.
Selepas penahanannya, polis memaklumkan keadaan kembali selamat.
"Lelaki tersebut didapati bukan kakitangan atau bekas kakitangan PBB atau ada apa-apa kaitan dengan pertubuhan itu," kata jurucakap PBB Stephane Dujarric.
Kakitangan PBB juga dibenarkan untuk meninggalkan bangunan tersebut.