Dakwaan itu disifatkan rangkaian berita Qatar berkenaan sebagai percubaan Israel untuk menutup mulut wartawan.
Dalam satu kenyataan, Al Jazeera berkata, pihaknya mengecam tuduhan Israel terhadap wartawannya di Gaza dan memberi amaran bahawa ia sekadar justifikasi Israel untuk menyasarkan mereka.
Tentera Israel menerbitkan dokumen yang dikatakan ditemui di Gaza yang membuktikan lelaki itu mempunyai hubungan ketenteraan dengan kumpulan tersebut.
Tentera Israel mendakwa, dokumen itu termasuk Hamas dan Jihad Islam senarai butiran kakitangan, gaji dan kursus latihan, direktori telefon dan laporan kecederaan.
Al Jazeera berkata, rangkaian itu melihat tuduhan rekaan ini sebagai percubaan terang-terangan untuk menutup mulut beberapa wartawan yang tinggal di rantau berkenaan.
Tambahnya, ia sengaja untuk mengaburi realiti perang yang keras daripada seluruh dunia.
Israel telah lama menuduh Al Jazeera sebagai jurucakap Hamas dan sejak setahun lalu pihak berkuasanya telah mengarahkannya untuk menutup operasi atas sebab keselamatan, menyerbu pejabat dan merampas peralatan.
Al Jazeera sifatkan tindakan Israel terhadapnya adalah jenayah, kejam dan tidak bertanggungjawab serta dakwaan terbaru adalah "sebahagian daripada corak permusuhan yang lebih luas" terhadapnya.
Rangkaian itu mempertahankan ia tidak mempunyai kaitan dengan pejuang Hamas dan menuduh tentera Israel dengan sengaja membunuh beberapa wartawannya dalam perang Gaza, termasuk Samer Abu Daqqa dan Hamza Aldahdooh.
Qatar menubuhkan Al Jazeera pada 1996 dan melihat rangkaian itu sebagai satu cara untuk memperkukuh profil globalnya.