Anggota polis dikerah ke rumahnya di Tegucigalpa beberapa jam selepas Amerika Syarikat memohon beliau diekstradisi ke negara itu bagi menghalangnya melarikan diri.
Tangkapan yang disiar secara langsung melalui media tempatan menunjukkan Hernandez digari sebelum dibawa ke balai polis berdekatan.
Hernandez memimpin Honduras dari tahun 2014 sehingga Januari tahun ini.
Beliau menafikan dakwaan terlibat dengan sindiket pengedaran dadah yang turut melibatkan adiknya Tony Hernandez, yang kini menjalani hukuman penjara seumur hidup di Amerika Syarikat.
Pasukan Pendakwa Raya mendakwa Hernandez menerima rasuah sebanyak AS$1 juta oleh ketua kartel dadah Mexico, Joaquin 'El Chapo' Guzman yang diberikan kepada Tony.
Honduras merupakan lokasi transit sindiket penyelupan dadah dari Amerika Selatan ke Amerika Syarikat.
Baru-baru ini ia juga menjadi pusat menghasilkan kokain.
Hernandez berulang kali menengaskan akan lakukan segala dalam bidang kuasanya untuk menangani masalah penyeludupan dadah dan semasa pemerintahannya menerima sokongan kuat Amerika Syarikat semasa pentadbiran Presiden Donald Trump.
Namun hubungan itu tidak berkekalan di bawah pemerintahan Presiden Joe Biden.
Minggu lepas Jabatan Negara Amerika Syarikat mendedahkan Hernandez dimasukkan dalam senarai individu yang dilarang memasuki negara berkenaan atas dakwaan mengamalkan rasuah.
Setiausaha Negara Antony Blinken dalam satu kenyataan berkata, terdapat bukti kukuh bekas ketua Honduras itu terlibat dalam kegiatan rasuah dan sindiket pengedaran dadah.
Beliau juga didakwa menggunakan hasil itu untuk kempen politiknya.
