Sebahagian besar bandar dan kawasan pedalaman terputus hubungan akibat jalan raya yang ditenggelami air banjir.
Kawasan paling teruk terjejas adalah di sekitar Jablanica, sebuah bandar di tengah jalan utama antara Mostar dan ibu negara Sarajevo.
Sejumlah penduduk turut dilaporkan hilang dan keadaan darurat telah diisytiharkan.
Menteri Pembangunan Vojin Mijatovic memaklumkan, banjir ini merupakan yang terburuk melanda negara itu dan menyeru orang ramai untuk kekal tenang.
Rakaman video dron menunjukkan kawasan perumahan dan sebuah masjid di Donja Jablanica ditenggelami air.
Selain itu beberapa jalan utama serta laluan kereta api mengalami kerosakan teruk.
Beberapa rumah turut musnah akibat tanah runtuh.
Sebahagian besar kawasan tengah Eropah telah dilanda banjir sejak sebulan lalu dan menyebabkan kemusnahan teruk di Poland, Republik Czech dan Romania.