Ia susulan pendahulunya, Rigathi Gachagua yang dipecat Parlimen bulan lalu mencabar pelantikan Kindiki.
Senat terdahulu mengundi untuk memecat Gachagua pada bulan Oktober atas tuduhan melanggar perlembagaan secara serius dan menghasut kebencian etnik.
Beliau bagaimanapun menafikan dakwaan tersebut dan menganggapnya sebagai bermotifkan politik.
Mahkamah Tinggi Kenya sebelum ini menangguhkan pelantikan Kindiki.
Ia susulan Gachagua dan penyokongnya mengemukakan lebih 30 cabaran undang-undang di mahkamah bagi menghalang pemecatan dan penggantian Gachagua.
Namun, perintah penangguhan tersebut ditarik balik pada Khamis.
Keputusan itu diputuskan selepas hakim menyatakan bahawa jawatan Timbalan Presiden tidak boleh dibiarkan kosong mengikut perlembagaan negara itu.
Usai majlis angkat sumpah, Presiden Kenya, William Ruto menasihati Timbalan Presiden baharunya untuk melayani rakyat Kenya secara saksama tanpa mengira ideologi politik.
Kata Ruto, kerajaan kenya adalah milik semua rakyat tanpa mengira perbezaan tersebut.
Kindiki sebelum ini merupakan calon utama yang berpotensi menjadi regu Ruto dalam Pilihan Raya 2022.
Beliau bagaimanapun dilantik sebagai Menteri Dalam Negeri sejurus Presiden mengambil alih jawatan pada September tahun itu.
