Ini sekali gus menghidupkan semula harapan Argentina dalam kejohanan berprestij itu.
Sepanjang separuh masa pertama, Messi, yang menyamai rekod Diego Maradona dalam kemunculan perlawanan Piala Dunia sebanyak 21 kali, tidak kelihatan sebelum meledak gol dengan bantuan Angel Di Maria.
Pemain gantian Fernandez memastikan Argentina mengutip tiga mata penuh selepas berjaya menyumbat gol kedua negara itu pada minit ke-87.
Keputusan itu memulihkan semangat Argentina selepas dikalahkan Arab Saudi dalam perlawanan pembukaan.
BACA: Arab Saudi tewaskan Argentina, Raja Salman umum cuti
Argentina, dengan tiga mata, dijangka akan mencatatkan kemenangan ke atas Poland dalam perlawanan akhir Kumpulan C mereka pada Rabu.
Mexico ketika ini mempunyai hanya satu mata dan perlu mengalahkan Arab Saudi yang mempunyai tiga mata, untuk layak ke pusingan 16 terakhir Piala Dunia.